Fue fundada por el Coronel Carlos Morphi un 16 de agosto del año 1770 a orillas del Arroyo Piribebuy en el lugar conocido como Ykua San Roque.

Durante su historia tuvo varios nombres primeramente Jukyresa o jukyty Guasú; posteriormente capilla San Roque, luego Barrero Grande (tierra salada) y actualmente Eusebio Ayala, en homenaje al Dr. Eusebio Ayala, hijo dilecto de la ciudad y Presidente de la Victoria en la Guerra del Chaco.
Eusebio Ayala, nombre oficial de la ciudad a partir del 18 de abril de 1.940 según Decreto del Poder Ejecutivo Nº 902 del 18 de abril de 1.940 que en su articulo 1º dispone: “El pueblo de Barrero Grande llevará en adelante el nombre de Eusebio Ayala”.